As questões prejudiciais são questões que devem ser avaliadas pelo juiz, com valoração penal ou extrapenal, e devem ser decididas antes do mérito da ação principal. Quanto à natureza, as questões prejudiciais são classificadas em homogêneas e heterogêneas.

A homogênea ou comum ou imperfeita é a questão prejudicial que pertence ao mesmo ramo do direito da questão prejudicada. Exemplos: furto e receptação; lavagem de capitais e tráfico de drogas. O Código de Processo Penal não tratou das questões prejudiciais homogêneas. São resolvidas por meio da conexão probatória ou instrumental, de acordo com o artigo 76, inciso III:

Art. 76. A competência será determinada pela conexão:

(...)

III - quando a prova de uma infração ou de qualquer de suas circunstâncias elementares influir na prova de outra infração.

A questão prejudicial heterogênea ou jurisdicional ou perfeita é a que pertence a outro ramo do direito. Exemplo: casamento e bigamia. O Código de Processo Penal, em seus artigos 92 e 93, trata desta espécie de questão prejudicial.

Art. 92. Se a decisão sobre a existência da infração depender da solução de controvérsia, que o juiz repute séria e fundada, sobre o estado civil das pessoas, o curso da ação penal ficará suspenso até que no juízo cível seja a controvérsia dirimida por sentença passada em julgado, sem prejuízo, entretanto, da inquirição das testemunhas e de outras provas de natureza urgente.

Art. 93. Se o reconhecimento da existência da infração penal depender de decisão sobre questão diversa da prevista no artigo anterior, da competência do juízo cível, e se neste houver sido proposta ação para resolvê-la, o juiz criminal poderá, desde que essa questão seja de difícil solução e não verse sobre direito cuja prova a lei civil limite, suspender o curso do processo, após a inquirição das testemunhas e realização das outras provas de natureza urgente.